Những sinh vật nguyên sinh khác nhau có dinh dưỡng khác nhau. Ví dụ ở flagellata, cơ chế lọc thức ăn có thỉnh thoảng có thể xảy ra ở nơi mà flagella tìm thấy con mồi. Các sinh vật nguyên sinh khác có thể nhấn chìm vi khuẩn và tiên hóa chúng bên trong, bằng cách mở rộng màng tế bào của chúng xung quanh thức ăn để tạo một không bào tiêu hóa. Sau đó, nó được đưa vào bên trong tế bào qua endocytosis (thường là thực bào; đôi khi là pinocytosis).